Arrêt maladie en alternance : ton salaire, ton CFA, tes démarches
En arrêt maladie, un alternant a les mêmes droits et les mêmes obligations que n'importe quel salarié : tu envoies ton arrêt sous 48 heures, tu touches des indemnités de l'Assurance maladie après 3 jours de carence, et ton employeur complète seulement si tu as au moins 1 an d'ancienneté. Ce qui change pour toi, c'est le CFA : il faut le prévenir aussi. Voici quoi faire, dans l'ordre, et combien tu vas toucher.
Ce qui a changé
- : publication du guide.
En bref
- En alternance, tu es salarié : en arrêt maladie, tu suis les mêmes règles que les autres salariés, que tu sois en contrat d'apprentissage ou en contrat de professionnalisation.
- Tu as 48 heures pour envoyer ton arrêt : les volets 1 et 2 à ta caisse d'assurance maladie (CPAM), le volet 3 à ton employeur. Si ton médecin l'a envoyé en ligne, il te reste à transmettre le volet 3 à ton employeur (service-public.gouv.fr).
- L'Assurance maladie verse des indemnités journalières à partir du 4e jour d'arrêt : elles valent 50 % de ton salaire journalier de base, dans la limite de 42,97 € brut par jour pour un arrêt prescrit depuis juillet 2026 (ameli.fr).
- Ton employeur complète ces indemnités (90 % de ton salaire brut, puis deux tiers) seulement si tu as au moins 1 an d'ancienneté, à partir du 8e jour d'arrêt, sauf convention collective plus favorable (service-public.gouv.fr).
- Le temps passé au CFA compte comme du temps de travail : un arrêt maladie pendant une période de cours se déclare de la même façon, et tu préviens aussi ton CFA.
Tu commences ton alternance ? Suis la checklist du début d'alternance
| Donnée | Valeur | Source |
|---|---|---|
| Délai de carence de l'Assurance maladie | 3 jours par arrêt (indemnités dues à partir du 4e jour) | ameli.fr, service-public.gouv.fr (F3053) |
| Montant des indemnités journalières | 50 % du salaire journalier de base (3 derniers salaires bruts divisés par 91,25) | service-public.gouv.fr (F3053) |
| Salaire pris en compte au maximum | 1,4 fois le SMIC mensuel, soit 2 613,83 € brut pour un arrêt débutant depuis le 1er juillet 2026 | ameli.fr |
| Indemnité journalière maximale | 42,97 € brut par jour (arrêt prescrit depuis juillet 2026) | ameli.fr |
| Condition pour être indemnisé (arrêt de moins de 6 mois) | 150 heures de travail sur les 3 derniers mois, ou cotisations sur au moins 1 015 fois le SMIC horaire sur 6 mois | ameli.fr, service-public.gouv.fr (F3053) |
| Complément de l'employeur | 90 % du brut pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant 30 jours (entre 1 et 5 ans d'ancienneté) | service-public.gouv.fr (F3053) |
| Démarche | Quand | Source |
|---|---|---|
| Prévenir ton employeur | Sans délai, par tous moyens | service-public.gouv.fr (F303) |
| Envoyer l'arrêt (CPAM et employeur) | Sous 48 heures | service-public.gouv.fr (F303), ameli.fr |
| Début des indemnités journalières | 4e jour d'arrêt | ameli.fr |
| Début du complément employeur | 8e jour d'arrêt (1er jour en cas d'accident du travail), sauf convention plus favorable | service-public.gouv.fr (F3053) |
| Versement des indemnités journalières | Environ tous les 14 jours | ameli.fr, service-public.gouv.fr (F3053) |
| Présence obligatoire à domicile (sorties avec horaires) | De 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, week-ends et jours fériés compris | service-public.gouv.fr (F12415) |
Que faire dès que ton médecin t'arrête ?
Préviens ton employeur tout de suite, puis envoie ton arrêt sous 48 heures. C'est la règle pour tous les salariés, alternants compris (service-public.gouv.fr).
L'avis d'arrêt de travail a trois volets :
- Volets 1 et 2 : pour ta caisse d'assurance maladie (la CPAM, l'antenne locale de l'Assurance maladie).
- Volet 3 : pour ton employeur.
Deux cas possibles :
| Ton arrêt est… | Ce que tu fais |
|---|---|
| Envoyé en ligne par ton médecin | Rien à envoyer à la CPAM. Tu donnes le volet 3 imprimé à ton employeur sous 48 heures. |
| Sur papier | Tu envoies les volets 1 et 2 à ta CPAM, et le volet 3 à ton employeur, sous 48 heures. |
Attention à l'arrêt papier. Depuis le 1er juillet 2025, seul le formulaire Cerfa sécurisé est accepté. Les photocopies, les scans et les anciens formulaires sont refusés (ameli.fr). Envoie l'original.
Pour ton employeur, un message ou un appel le jour même ne remplace pas le volet 3. Il faut les deux : l'info tout de suite, le justificatif sous 48 heures.
Et si tu envoies ton arrêt en retard ?
La première fois, ta CPAM t'avertit. Si tu recommences dans les 2 ans, tes indemnités peuvent être réduites de 50 % pour la période entre la date de l'arrêt et la date d'envoi. Depuis le 1er janvier 2026, si l'arrêt arrive après la fin de la période prescrite, la réduction peut aller jusqu'à 100 % (service-public.gouv.fr). Aucune réduction si tu prouves une hospitalisation ou que tu ne pouvais pas l'envoyer à temps.
Côté employeur, une absence non justifiée peut entraîner une sanction disciplinaire. Bref : 48 heures, pas plus.
Tu es malade pendant une période au CFA : qu'est-ce qui change ?
Rien sur le fond : tu fais exactement les mêmes démarches. En alternance, le temps de formation au CFA est compris dans ton temps de travail (article L6222-24 du Code du travail pour l'apprenti, service-public.gouv.fr pour le contrat pro). Ton employeur reste ton employeur, même pendant une semaine de cours.
Donc, si tu tombes malade pendant une période au CFA :
- Tu consultes un médecin et tu obtiens un arrêt de travail.
- Tu préviens ton employeur (ou ton maître d'apprentissage) et tu lui envoies le volet 3 sous 48 heures.
- Tu préviens aussi ton CFA, selon les règles qu'il a fixées.
- Tu envoies les volets 1 et 2 à ta CPAM si l'arrêt est sur papier.
Pour savoir dans quel délai et sous quelle forme prévenir ton CFA, lis son règlement intérieur ou demande au secrétariat.
Tu veux suivre quand même certains cours pendant ton arrêt ? Pendant un arrêt, tu dois t'abstenir de toute activité, sauf autorisation de ton médecin (service-public.gouv.fr). Parles-en avec lui avant, et vérifie avec ta CPAM.
Combien vas-tu toucher pendant ton arrêt ?
Pendant ton arrêt, ton employeur ne te verse pas ton salaire habituel pour les jours d'absence, sauf maintien de salaire (voir plus bas). À la place, l'Assurance maladie te verse des indemnités journalières (IJ) : une somme par jour d'arrêt, qui remplace une partie de ton salaire.
Les 3 jours de carence
Les IJ ne sont pas versées pendant les 3 premiers jours de chaque arrêt : c'est le délai de carence. Elles démarrent le 4e jour (ameli.fr). Pas de carence, notamment, si tu prolonges un arrêt après une reprise de 48 heures ou moins, ou si l'arrêt fait suite à un accident du travail.
Le calcul
Les IJ valent 50 % de ton salaire journalier de base. Pour un salarié payé au mois, ce salaire journalier, c'est le total de tes 3 derniers salaires bruts divisé par 91,25 (service-public.gouv.fr). Les IJ sont dues pour chaque jour, week-ends compris.
Il y a un plafond : ton salaire est pris en compte dans la limite de 1,4 fois le SMIC mensuel. Pour un arrêt prescrit depuis juillet 2026, l'IJ ne peut pas dépasser 42,97 € brut par jour (ameli.fr). Avec un salaire d'apprenti, tu restes en général bien en dessous.
Un exemple
Tu as 19 ans, tu es en 1re année d'apprentissage, payé au minimum légal : 802,82 € brut par mois en 2026 (voir la grille dans notre guide sur la fiche de paie).
| Étape | Calcul | Résultat |
|---|---|---|
| Salaires des 3 derniers mois | 802,82 € × 3 | 2 408,46 € |
| Salaire journalier de base | 2 408,46 € ÷ 91,25 | 26,39 € |
| Indemnité journalière | 50 % de 26,39 € | 13,20 € brut par jour |
| Arrêt de 7 jours | 7 jours − 3 jours de carence = 4 jours × 13,20 € | 52,80 € brut |
Ces IJ sont brutes : la CSG et la CRDS (des prélèvements sociaux) sont retirées avant versement. Le montant exact est calculé par ta CPAM à partir des salaires que ton employeur lui déclare.
Qui paie, et quand ?
La CPAM verse les IJ environ tous les 14 jours, une fois ton dossier traité (ameli.fr). À réception de ton arrêt, ton employeur établit une attestation de salaire, qui sert au paiement de tes IJ (ameli.fr). Si ça traîne, relance les RH.
Certaines entreprises continuent de te payer et touchent les IJ à ta place : c'est la subrogation. Dans ce cas, tu ne reçois rien de la CPAM, tout passe par ta fiche de paie.
As-tu droit aux IJ si tu viens de commencer ?
Pas forcément. L'Assurance maladie applique aux apprentis les mêmes conditions qu'aux autres salariés (ameli.fr). Pour un arrêt de moins de 6 mois, il faut avoir travaillé au moins 150 heures sur les 3 mois (ou 90 jours) avant l'arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire d'au moins 1 015 fois le SMIC horaire sur les 6 derniers mois (ameli.fr).
Si tu es malade dès tes premières semaines d'alternance, sans job avant, tu peux ne pas remplir ces conditions. Demande à ta CPAM (3646) : c'est elle qui vérifie tes droits.
Ton employeur doit-il maintenir ton salaire ?
Oui, en partie, mais seulement si tu as au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise, calculée au premier jour de ton absence (service-public.gouv.fr). Concrètement : en 1re année d'alternance, en général non. En 2e année chez le même employeur, en général oui.
Les autres conditions :
- avoir envoyé ton arrêt à ton employeur sous 48 heures ;
- être assuré social (le versement effectif des IJ n'est pas une condition) ;
- être soigné en France ou dans l'Espace économique européen.
Ce complément démarre au 8e jour d'arrêt (7 jours de carence), sauf en cas d'accident du travail : dès le 1er jour. Il fait monter ce que tu touches (IJ + complément) à :
| Période | Tu touches au total |
|---|---|
| 30 premiers jours indemnisés | 90 % de ton salaire brut |
| 30 jours suivants | 66,66 % de ton salaire brut |
Les durées augmentent avec l'ancienneté, mais pour un alternant, c'est presque toujours la ligne « 1 à 5 ans » qui s'applique.
Regarde ta convention collective. C'est l'ensemble des règles propres à ton secteur. Elle peut prévoir mieux que la loi : moins de jours de carence, une ancienneté plus courte, voire un salaire maintenu à 100 %. Son nom figure sur ta fiche de paie. Demande aux RH ce qu'elle prévoit.
Peux-tu sortir pendant ton arrêt ?
Ça dépend de ce que ton médecin a coché sur l'arrêt (service-public.gouv.fr) :
- Sorties interdites : tu restes chez toi, sauf pour des soins ou examens médicaux.
- Sorties autorisées : tu dois être chez toi de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, y compris le samedi, le dimanche et les jours fériés. Seules exceptions : soins ou examens que tu peux justifier.
- Sorties sans restriction d'horaire : tu sors librement, en respectant les consignes de ton médecin.
Tu passes ton arrêt chez tes parents ou ailleurs ? Indique l'adresse sur le volet 1 envoyé à ta CPAM, ou demande à ton médecin de l'indiquer s'il transmet l'arrêt en ligne. Tu dois pouvoir être contrôlé là où tu es.
Que risques-tu en cas de contrôle ?
Pendant ton arrêt, l'Assurance maladie comme ton employeur peuvent faire contrôler que l'arrêt est justifié et que tu respectes ses règles (service-public.gouv.fr). Ton employeur peut envoyer un médecin à ton domicile : c'est la contre-visite, la contrepartie du complément de salaire qu'il te verse.
Si tu n'es pas là aux heures de présence, ou si tu travailles sans autorisation, tes IJ peuvent être suspendues ou supprimées, avec une sanction financière possible. Ton employeur peut aussi agir de son côté. En cas de fraude, tu rembourses.
Le bon réflexe : un rendez-vous médical pendant les heures de présence ? Garde le justificatif.
Questions fréquentes
Un apprenti a-t-il des jours de carence en arrêt maladie ?
Oui. Comme tout salarié, un apprenti a 3 jours de carence côté Assurance maladie : les indemnités journalières démarrent le 4e jour d'arrêt. Côté employeur, le complément de salaire démarre au 8e jour, sauf convention collective plus favorable.
À qui envoyer son arrêt maladie quand on est en alternance ?
Sous 48 heures, les volets 1 et 2 vont à la caisse d'assurance maladie (CPAM) et le volet 3 à l'employeur. Si le médecin a transmis l'arrêt en ligne, il reste seulement le volet 3 à donner à l'employeur. Préviens aussi ton CFA si l'arrêt tombe pendant une période de cours.
Combien touche un apprenti en arrêt maladie ?
L'Assurance maladie verse 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les 3 derniers salaires bruts divisés par 91,25. Pour un apprenti de 19 ans en 1re année payé 802,82 € brut par mois en 2026, cela donne environ 13,20 € brut par jour. L'employeur complète seulement si l'apprenti a au moins 1 an d'ancienneté ou si la convention collective le prévoit.
Que faire si on est malade pendant une semaine au CFA ?
Les démarches sont les mêmes qu'en entreprise : arrêt de travail, volet 3 à l'employeur et volets 1 et 2 à la CPAM sous 48 heures. Le temps au CFA compte comme du temps de travail. Préviens en plus ton CFA, selon son règlement intérieur.
Le contrat de professionnalisation suit-il les mêmes règles ?
Oui. En contrat de professionnalisation aussi, tu es salarié : envoi sous 48 heures, 3 jours de carence, indemnités journalières et complément employeur dès 1 an d'ancienneté s'appliquent de la même façon.
Quelles sont les heures de sortie autorisées en arrêt maladie ?
Si ton médecin a autorisé les sorties avec horaires, tu dois être chez toi de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, tous les jours, week-ends et jours fériés compris. Seuls des soins ou examens justifiés permettent de sortir pendant ces créneaux. S'il a coché « sans restriction d'horaire », tu sors librement.
Sources officielles
Sources consultées le .
- ameli.fr : arrêt en ligne (volet 3 imprimé à l'employeur sous 48 h), arrêt papier (volets 1 et 2 à la CPAM, volet 3 à l'employeur, sous 48 h), Cerfa sécurisé obligatoire depuis le 1er juillet 2025 (scans et photocopies refusés), carence de 3 jours et exceptions, conditions d'ouverture (150 h sur 3 mois ou 90 jours, ou 1 015 × SMIC horaire sur 6 mois ; au-delà de 6 mois : 12 mois d'affiliation et 600 h ou 2 030 × SMIC horaire), IJ = 50 % du salaire journalier de base, plafond 1,4 SMIC (2 613,83 € brut pour les arrêts débutant à compter du 1er juillet 2026), IJ maximale 42,97 € brut pour les arrêts prescrits à compter de juillet 2026, versement environ tous les 14 jours, subrogation, attestation de salaire établie par l'employeur pour le paiement des IJ, CSG 6,2 % et CRDS 0,5 % sur les IJ, plafond 2 522,52 € pour les arrêts débutant en juin 2026. Page datée du 01/09/2026.
- service-public.gouv.fr, fiche F3053 : IJ (carence 3 jours, calcul 3 derniers salaires ÷ 91,25, plafond 1,4 SMIC, maximum 42,97 €, versement tous les 14 jours, jours calendaires) ; complément employeur (1 an d'ancienneté au 1er jour d'absence, certificat sous 48 h, être assuré social (versement effectif des IJ non requis), soins en France ou EEE, exclusion des travailleurs à domicile, saisonniers, intermittents, temporaires ; carence 7 jours, dès le 1er jour en cas d'AT/MP ; 90 % puis 66,66 % ; 30 + 30 jours de 1 à 5 ans d'ancienneté ; convention collective plus favorable ; contre-visite).
- service-public.gouv.fr, fiche F303 : prévenir l'employeur sans délai, volets 1 et 2 à la Sécurité sociale et volet 3 à l'employeur sous 48 h, Cerfa sécurisé n°10170*08, sanctions en cas d'envoi tardif (avertissement, réduction de 50 % en cas de nouvel envoi tardif dans les 2 ans, jusqu'à 100 % si l'arrêt arrive après la fin de la période prescrite, pas de réduction en cas d'hospitalisation ou d'impossibilité), obligation de s'abstenir de toute activité sauf autorisation du médecin, contrôles, sanctions disciplinaires.
- service-public.gouv.fr, fiche F12415 : présence obligatoire de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h y compris samedis, dimanches et jours fériés, sauf soins ou examens justifiés ; sorties libres sur décision du médecin ; adresse différente à indiquer sur le volet 1 ; contrôles par l'Assurance maladie ou l'employeur ; suspension ou suppression des IJ, pénalité financière, remboursement en cas de fraude.
- code.travail.gouv.fr : le temps de formation au CFA est compris dans l'horaire de travail de l'apprenti.
- ameli.fr : l'apprenti a droit aux indemnités journalières sous réserve des conditions d'ouverture de droits applicables aux salariés.
- service-public.gouv.fr, fiche F15478 : contrat de professionnalisation, temps de formation = temps de travail effectif.
- service-public.gouv.fr, fiche F2300 : SMIC 1 867,02 € brut par mois depuis le 1er juin 2026.
- service-public.gouv.fr, fiche F2918 : apprenti de 18 à 20 ans en 1re année = 43 % du SMIC, soit 802,82 € brut (valeur identique au guide publié fiche-de-paie-alternant).
Informations générales à jour au 24 octobre 2026. Vérifie toujours selon ta situation sur le site officiel cité (ameli.fr, service-public.gouv.fr). Une erreur ? Écris-nous à contact@viaxo.fr.